VCF til CSV-konverter

VCF til CSV-konverteren omdanner VCF-variantdata til et tabel CSV-format, der egner sig til analyse i regneark, databaser og BI-værktøjer. Indtastning kan ske via filupload eller indsættelse af VCF-tekst, og den genererede CSV inkluderer kerne felter som CHROM, POS, ID, REF, ALT, QUAL, FILTER, INFO og FORMAT samt eventuelle kolonner per prøve. Ved multi-allele poster kan ALT udvides til separate rækker eller forblive i ét felt, afhængigt af konfiguration. INFO-felter kan udvides til separate kolonner eller beholdes som en kodet kolonne. Avancerede muligheder understøtter målrettet kolonne-mapping, tilpasning af kolonne-orden, konvertering af numeriske INFO-værdier til tal og enkle filtre for at inkludere poster, der opfylder kriterier. Konverteren foretager ikke variantannotering; fokus er på formatkonvertering og tabelformet data.

Bag kulisserne anvendes en robust streaming-parser til at håndtere store VCF-filer effektivt uden at indlæse dem helt i hukommelsen. Den validerer VCF-syntax, normaliserer numeriske værdier og sikrer korrekt CSV-quoting. Når INFO udvides, parses nøgle-værdi-par og placeres i dedikerede kolonner, hvis valgt. Hvis udvidelse af sample-data er aktiveret, kan FORMAT/SAMPLE-felter vises som separate kolonner eller undlades for en kompakt tabel. Uddata-separatoren kan sættes til komma eller tab for TSV-kompatibilitet. Konverteren bevarer også headerlinjerne fra VCF-filen (som starter med #) ved eksport for reproducerbarhed.