Oligo Analyzer 3.1

Cet outil analyse les oligonucléotides utilisés dans les amorces, sondes, adaptateurs et bibliothèques de séquençage. Il fournit des propriétés clés telles que la température de fusion, le contenu GC, le poids moléculaire et le coefficient d’extinction pour soutenir les décisions de conception et le contrôle qualité. Le flux accepte des séquences d’ADN ou d’ARN canoniques et des paramètres tampon optionnels pour adapter les calculs à des conditions réelles.
Conception: les utilisateurs saisissent la séquence et spécifient le type d’oligo; le moteur applique un modèle thermodynamique de voisinage avec des corrections de sel pour estimer Tm, calcule le pourcentage GC, dérive le poids moléculaire à partir des poids des nucléotides et estime le coefficient d’extinction à partir de la composition des bases. Un simple indicateur de risque de structure secondaire signale les éventuels hairpins ou motifs répétitifs pouvant affecter la performance. Les résultats sont présentés sous forme de valeurs numériques et d’une brève évaluation du risque pour guider les décisions de sélection et de synthèse.
La valeur de l’outil réside dans des métriques consolidées et reproductibles: une source unique de vérité pour Tm, contenu GC, MW et métriques d’étiquetage pour les oligos ADN et ARN. Des cas d’utilisation incluent la conception d’amorces/sondes, les flux de clonage, la préparation de qPCR et la préparation de bibliothèques où un dépistage rapide et un reporting standardisé accélèrent le développement et réduisent les erreurs de commande. Les utilisateurs avancés peuvent exporter des rapports CSV/JSON pour l’intégration avec des carnets de conception et des pipelines LIMS.