Oligo Analyzer

Analyse les séquences d'oligo pour calculer le contenu GC, la température de fusion et des métriques de qualité pour les chercheurs, les enseignants et les équipes biotech prévoyant des expériences.

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À propos de cet outil

L'outil d'analyse oligo évalue les oligonucléotides à simple brin pour les flux de travail en biologie moléculaire. Il s'adresse aux chercheurs, cliniciens, enseignants et équipes QA qui conçoivent des amorces, sondes, adaptateurs ou codes-barres. Il est utilisé lors de la revue de conception, avant la synthèse ou dans les laboratoires d'enseignement pour illustrer la thermodynamique et les propriétés de séquence. L'outil fournit des métriques quantitatives, des conseils clairs sur l'adéquation et des résultats exportables pour soutenir la planification expérimentale et la documentation.
L'outil valide les séquences d'entrée, calcule le contenu GC et estime la température de fusion en utilisant plusieurs modèles thermodynamiques. Il indique la longueur, le GC%, le Tm et les drapeaux de qualité de base. Des métriques avancées optionnelles incluent le risque hairpin, le risque de self-dimer et le potentiel de cross-dimer. Les sorties sont structurées pour les archives de laboratoire et la génération de rapports. Il prend en charge une session sécurisée et les caractères nucléotidiques standard.
L'outil est conçu pour aider à la révision de la conception des amorces et des oligos, les démonstrations pédagogiques des propriétés de séquence et la documentation QA. Il offre des sorties adaptées à l'inclusion dans les notes de laboratoire, les rapports et les plans expérimentaux.
La valeur ajoutée réside dans la combinaison de plusieurs modèles thermo, une reporting clair des métriques et des résultats exportables alignés sur les workflows de laboratoire courants, tout en évitant les instructions de laboratoire humide.

Comment utiliser

  1. Fournir les entrées: collez ou téléchargez une séquence d'ADN, définissez la concentration saline et le modèle d'analyse.
  2. Choisir les options d'analyse: contenu GC, modèle Tm, vérifications hairpin et self-dimer.
  3. Lancer le calcul: l'outil calcule le pourcentage GC, le Tm en °C, la longueur et les scores de risque.
  4. Examiner les sorties: vérifier les métriques, la température d'appoint recommandée et les options d'exportation.
  5. Exporter ou copier les résultats: générer CSV ou les copier dans les rapports.
How to use idt oligo analyzer tool

Frequently Asked Questions

Trouvez des réponses rapides

Quelles entrées sont requises et quels formats sont pris en charge ?
Une séquence d'ADN est requise. L'outil accepte du texte brut ou des formats FASTA similaires et valide les caractères A, C, G, T et N. La longueur et des paramètres optionnels comme la concentration saline peuvent être fournis pour affiner les calculs.
Comment la température de fusion est-elle calculée ?
Tm est calculé avec deux modèles: une règle simple de Wallace pour les courtes séquences et un modèle de voisin le plus proche avec correction saline pour les plus longues. L'outil indique le modèle utilisé et le Tm résultant en Celsius.
Puis-je entrer de l'ARN ou des oligos modifiés ?
L'outil accepte les séquences d'ADN pour l'analyse. Si de l'ARN est fourni, il peut être converti en ADN en étape de prétraitement. Il ne conçoit ni n'évalue des oligos chimiquement modifiés ni ne fournit des conseils de synthèse.
Comment utiliser les résultats dans les rapports ?
Les résultats incluent le contenu GC, le Tm, la longueur et les scores de risque. Les sorties peuvent être exportées en CSV ou copiées pour être incluses dans les carnets de laboratoire, les rapports ou les plans expérimentaux. Les unités sont clairement indiquées.

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