Outil de fusion GFF3

L’outil de fusion GFF3 consolide plusieurs fichiers d’annotations en un seul jeu de données GFF3. Il accepte un ou plusieurs fichiers GFF3 en texte clair, éventuellement gzippés, et produit un seul fichier GFF3 conforme pour les analyses en aval. Les données essentielles (seqid, source, type, start, end, score, strand, phase) et toutes les colonnes d’attributs sont conservées, tout en résolvant les chevauchements et duplicatas de manière déterministe.
Principe et flux: l’outil analyse chaque entrée, regroupe par les champs clés et fusionne selon une politique définie. Les attributs non conflictuels sont fusionnés; les valeurs conflictuelles peuvent être journalisées et résolues par des règles utilisateur. Le fichier fusionné est trié par seqid, start et end, les entêtes étant préservés.
Bénéfices et différenciateurs: les chercheurs intégrant des jeux de données multiples, les équipes de curation d’annotations et les ingénieurs bioinformaticiens bâtissant des pipelines reproductibles bénéficient d’un processus de fusion fiable et auditable. Des validations GFF3 strictes, des journaux de fusion transparents, des filtres (par séquence, type ou source) et un rapport de modifications promeuvent la traçabilité et les audits. Utilisations: intégrer des annotations de plusieurs assemblages, consolider des catalogues de fonctionnalités et préparer les données pour des études de génomique comparative. L’outil met l’accent sur l’intégrité des données, des résultats déterministes et le respect des standards GFF3 pour réduire les erreurs postérieures.