VCF-zu-CSV-Konverter

Der VCF-zu-CSV-Konverter wandelt VCF-Varianten-Daten in ein tabellarisches CSV-Format um, geeignet für Analysen in Tabellenkalkulationen, relationalen Datenbanken und BI-Tools. Eingaben erfolgen entweder per Dateiupload oder als eingefügter Text, und das Tool erzeugt eine CSV mit Kerndatenfeldern wie CHROM, POS, ID, REF, ALT, QUAL, FILTER, INFO und FORMAT sowie ggf. pro-Sample-Spalten. Bei Mehrfach-Allel-Einträgen können ALT-Werte je nach Konfiguration in separate Zeilen erweitert oder als einzelnes Feld belassen werden. INFO-Felder lassen sich in einzelne Spalten extrahieren oder als ein kompaktes encodiertes Feld behalten. Erweiterte Optionen ermöglichen gezielte Spaltenzuordnung, Reihenfolge der CSV-Spalten, die Konvertierung numerischer INFO-Werte in Zahlenwerte und das Anwenden einfacher Filter, um nur Datensätze mit bestimmten Kriterien zu exportieren. Der Konverter führt keine Varianten-Annotationen durch; der Fokus liegt auf Formatkonvertierung und tabellarisch nutzbaren Daten.

Unter der Haube kommt ein robuster Streaming-Parser zum Einsatz, der große VCF-Dateien effizient verarbeitet, ohne sie vollständig in den Arbeitsspeicher zu laden. Er validiert die VCF-Syntax, normalisiert numerische Werte und sorgt für korrekte CSV-Quoting. Beim Expandieren von INFO werden Schlüssel-Wert-Paare geparst und bei Auswahl in eigene Spalten überführt. Falls die Erweiterung von Sample-Daten aktiviert ist, FORMAT-/SAMPLE-Felder können als eigene Spalten erscheinen oder für kompakte Tabellen ausgelassen werden. Der Ausgabe-Delimiter lässt sich auf Komma oder Tab setzen, um TSV-Kompatibilität sicherzustellen. Der Konverter bewahrt außerdem die Headerzeilen aus der VCF-Datei (beginnend mit #) beim Export, damit nachgelagerte Prozesse Kontext behalten.

Zielnutzer sind Genomik-Forscher, klinische Diagnoseteams, Data Engineers und Bioinformatiker, die Variantsdaten in Berichte, Dashboards oder Pipelines integrieren müssen. Einzigartige Vorteile umfassen den dualen Eingaben-Modus (Upload oder Texteingabe), flexible INFO-Erweiterung, kontrollierte Behandlung von Multi-Allele-Einträgen und Streaming-Verarbeitung, die sich auch für sehr große Dateien eignet. Das Tool legt Wert auf Datenintegrität, erzeugt gut formatierte CSV-Dateien, behandelt Fehler robust und bewahrt Header-Informationen für Reproduzierbarkeit.