GTF/GFF3 Sekvensuttag

Detta verktyg hämtar nukleotidsekvenser från en genom-assemblage genom att tillämpa en GTF/GFF3-annotering. Det stöder extraktion av exons, CDS, gener eller transkriptregioner, med valfri strengorientering och översättning. Forskare lämnar in en genom FASTA och en annoteringsfil; verktyget validerar koordinater, löser funktionsgränser och producerar en FASTA-fil med en sekvens per begärd egenskap. Det är utformat för reprodukterbara arbetsflöden och kan integreras i pipelines som kräver funktionsspecifika sekvenser för primerdesign, anpassning eller jämförande analyser.
Konceptuellt analyserar verktyget annoteringen, mappar funktioner till genomkoordinater, ordnar komponenter (t.ex. exons inom ett transkript) och sammanfogar sekvenser efter egenskapstyp. På neg-sträng omvänds sekvenser när så begärs. Valfria tillägg ger upstream/downstream-context och översättning av CDS till protein med standardgenkod. Utdata kan innehålla metadata-rapporter i CSV- eller BED-format för att underlätta vidare bearbetning.
Huvudnyttarna är genomforskare, bioinformaticare och kärnfaciliteter som behöver pålitlig, reproducerbar sekvenshämtning för upptäckt, validering eller pipeline-automation. Genom att separera funktionernas upplösning, sekvensutdrag och valfri översättning får verktyget en tydlig, auditable bana hur varje sekvens härleds och hur efterföljande analyser genereras.