GFF3 Sekvensextraktor

GFF3-sekvensextraktorn hämtar nukleotidsekvenser från en referensgenom med hjälp av GFF3-annoteringar. Den stödjer funktioner som CDS, exons, gener och transkript och producerar FASTA-utdata för nedströms analyser som motifsökning eller jämförande genomik.

Konceptuellt läser verktyget en genome FASTA och en GFF3-fil, bygger ett index per contig och för varje begärt feature samlar det koordinater, förenar multi-exon-segment och respekterar strängriktningen för att producera exakt sekvens.

Fördelar inkluderar reproducerbar extraktion över pipelines, kompatibilitet med standardformat och effektiv behandling av stora genom via streaming. Värdefullt för forskare, undervisare och workflow-ingenjörer som sammanställer feature-centrerade sekvensuppsättningar.

Huvudfunktioner: typbaserad filtrering, strängkänslig extraktion, sammanslagning av exons och beskrivande FASTA-rubriker. Användningsfall: CDS-extraktion för översättningstester, insamling av promotorsregioner och skapande av ett referenssekvenskatalog.