VCF till CSV-omvandlare

VCF till CSV-omvandlaren konverterar VCF-variantdata till ett tabellformat som passar analys i kalkylblad, databaser och BI-verktyg. Inmatning kan ske via filuppladdning eller textklistra. Den genererade CSV innehåller kärnfält som CHROM, POS, ID, REF, ALT, QUAL, FILTER, INFO och FORMAT, samt eventuellt kolumner per prov. Vid multi-allele-register kan ALT expandera till separata rader eller behållas i ett enda fält, beroende på konfiguration. INFO-fälten kan expanderas till separata kolumner eller behållas som en kodad kolumn. Avancerade alternativ erbjuder riktad kolumnmappning, anpassning av kolumnordning, konvertering av numeriska INFO-värden till numeriska typer och enkla filter för att endast exportera poster som uppfyller kriterier. Omvandlaren utför inte variantannotering; fokus ligger på formatkonvertering och tabellvänliga data.

Under ytan används en robust streaming-parser för att hantera stora VCF-filer effektivt utan att laddas helt i minnet. Den validerar VCF-syntaxen, normaliserar numeriska värden och säkerställer korrekt CSV-quoting. När INFO utökas parsas nyckel-värde-par och placeras i dedikerade kolumner om så önskas. Om expansion av sample-data är aktiverad kan FORMAT/SAMPLE-fälten visas som egna kolumner eller uteslutas för en kompakt tabell. Utmatningsseparatorn kan ställas in på komma eller tabb för TSV-kompatibilitet. Omvandlaren bevarar även VCF-huvudrubrikerna (börjar med #) vid export för reproducerbarhet.