Ferramenta de Design de siRNA

A ferramenta permite o design computacional de sequências siRNA para knockdown genético. Os usuários fornecem um transcrito-alvo ou ID de gene, espécie e comprimento desejado (19–21 nt). O sistema percorre a sequência-alvo com uma janela deslizante, gera sequências candidatas e aplica restrições para garantir a fabricabilidade e a viabilidade experimental. Enfatiza a transparência na pontuação e permite revisar várias rodadas de candidatos, selecionar as melhores opções e exportar resultados para planejamento de síntese. O fluxo é voltado para pesquisadores em biologia molecular e biotecnologia.
A lógica central combina estimativas de eficácia na alvo com verificações de segurança. Para cada candidato, calcula-se o conteúdo GC, evita motivos problemáticos, avalia a complementaridade da região seed e estima propriedades termodinâmicas. Risco off-target é avaliado alinhando o candidato a transcriptomas de referência para identificar hits próximos em regiões codificantes e regulatórias, seguido de uma pontuação composta. Saídas incluem a sequência siRNA, posição no transcrito, GC, ΔG previsto e pontuação off-target; anotações opcionais destacam SNPs, isoformas ou regiões conservadas. Público-alvo: laboratórios acadêmicos, CROs e startups biotech que buscam ciclos de design rápidos e reproduzíveis. A ferramenta suporta alvos humanos e modelos, oferece formatos de exportação para validação posterior e é independente de métodos de entrega downstream. Diferenciais: lógica de pontuação transparente, restrições configuráveis e alinhamento com referências transcriptômicas padrão para design reprodutível entre experimentos e equipes. Não realiza validação de laboratório nem orientação clínica, mas acelera triagem in silico e priorização de candidatos para síntese e testes.