GDC Data Transfer

Utilitário de transferência de dados em linha de comando para Mac que move conjuntos de dados para Genomic Data Commons, destinado a pesquisadores, gerentes de dados e pipelines bioinformáticos.

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About This Tool

Projetado para equipes de genômica baseadas em Mac, esta ferramenta permite transfers baseados em manifesto para Genomic Data Commons com foco na integridade e na reprodutibilidade. Ela analisa um manifesto, autentica-se em um endpoint GDC e transmite arquivos em paralelo conforme configurado, aplicando somas SHA-256 e relatórios por arquivo para validar o sucesso. Conceitualmente, o sistema trata transferências como um conjunto de operações de arquivo independentes, coordenadas por um manifesto, com mecanismo de retry resiliente e registro abrangente. Destinatários: pesquisadores, engenheiros de dados e equipes de governança de dados que buscam movimento auditable de terabytes de dados. Valor único vem de verificações de integridade de ponta-a-ponta, transferências recontinuáveis e configurações reproduzíveis para pipelines e auditorias. Funcionalidades centrais: validação de manifesto, transporte TLS, verificação de checksums, transferências recomeçáveis e status detalhado por arquivo. Casos de uso incluem grandes conjuntos de dados genômicos, coortes clínicas e distribuições públicas de dados onde a rastreabilidade é crucial. A ferramenta enfatiza confiabilidade, auditabilidade e reprodutibilidade sem transformar conteúdo ou fluxos UI-only.

How to Use

  1. Fornecer entradas: manifest_path, source_base_uri, destination_endpoint, credentials.
  2. Configurar parâmetros de transferência: parallelism, chunk_size_bytes, checksum_method e retry_backoff.
  3. Executar a transferência: iniciar o movimento de dados via fluxo baseado no manifesto.
  4. Monitorar e verificar: garantir conclusão bem-sucedida e verificação de checksum por arquivo.
  5. Recuperar resultados: saída transfer_summary e relatórios por arquivo para auditoria.
How to use gdc data transfer tool mac

Frequently Asked Questions

Find Quick Answers

Quais plataformas são suportadas?
A ferramenta foi desenhada para ambientes macOS e testada em versões modernas do macOS. Variações Windows e Linux não estão cobertas no momento.
Quais entradas são necessárias?
Entradas obrigatórias incluem manifest_path, source_base_uri, destination_endpoint e credenciais. Configurações opcionais cobrem parallelism, chunk_size_bytes e checksum_method. Todas as entradas devem atender ao esquema do manifest e às políticas do endpoint.
Como é garantida a integridade dos dados?
Para cada arquivo transferido, SHA-256 é calculado e comparado com o checksum do manifesto ou fornecido. Desvios acionam retry ou nova transferência, e um relatório registra os resultados para auditoria.
O que acontece em falhas de transferência?
O sistema usa backoff exponencial até um limite configurável. Se persistirem as falhas, são reportados os arquivos com falha, transferências parciais são mantidas e um resumo exportável é fornecido.

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