VCF til CSV-konverter

VCF til CSV-konverteren omformer VCF-variantdata til et tabellformat som passer for analyse i regneark, databaser og BI-verktøy. Inndata kan gis via filopplasting eller lim inn VCF-tekst, og den genererte CSV-en inkluderer kjerneregistreringer som CHROM, POS, ID, REF, ALT, QUAL, FILTER, INFO og FORMAT, samt eventuelt kolonner per prøve. For multi-allele poster kan ALT utvides til egne rader eller beholderes i et enkelt felt, avhengig av konfigurasjonen. INFO-felter kan utvides til egne kolonner eller beholdes som én kodet kolonne. Avanserte innstillinger gir målrettet kolonne-mapping, tilpasning av kolonne-orden, konvertering av numeriske INFO-verdier til tall og enkle filtre for å inkludere bare poster som møter kriterier. Converteren utfører ikke variantannotering; fokuset er formatering og tabellvennlig data.

Bak kulissene bruker verktøyet en robust streaming-parser for effektiv håndtering av store VCF-filer uten å lese dem helt inn i minnet. Den validerer VCF-syntaks, normaliserer numeriske verdier og sikrer korrekt CSV-quoting. Når INFO-utvidelse er aktivert, blir nøkkel-verdi-par analysert og plassert i dedikerte kolonner hvis valgt. Hvis utvidelse av sample-data er aktivert, kan FORMAT/SAMPLE-felter vises som egne kolonner eller utelates for en kompakt tabell. Utdata-separator kan settes til komma eller tab for TSV-kompatibilitet. Konverteren beholder også header-linjer fra VCF-filen (startende med #) ved eksport for reproduksjon.