Convertitore VCF in CSV

Il Convertitore VCF-CSV trasforma i dati di varianti VCF in un formato CSV tabellare, adatto per analisi in fogli di calcolo, database e strumenti BI. L’input può avvenire tramite caricamento file o incolla di testo VCF, e il CSV generato include campi chiave come CHROM, POS, ID, REF, ALT, QUAL, FILTER, INFO e FORMAT, con colonne opzionali per ogni campione. Per record multi-allele, ALT può essere espanso in righe separate o mantenuto in un unico campo, a seconda della configurazione. I campi INFO possono essere espansi in colonne separate o mantenuti in una colonna codificata. Opzioni avanzate permettono mappatura mirata delle colonne, ordine delle colonne CSV, conversione di valori INFO numerici in tipi numerici e filtri semplici per includere solo record che soddisfano criteri. Il convertitore non esegue annotazione delle varianti; l’obiettivo è la conversione di formato e dati pronti per tabelle.

Dietro le quinte, l’outil utilizza un robusto parser in streaming per gestire grandi file VCF in modo efficiente senza caricarli completamente in memoria. Valida la sintassi VCF, normalizza i valori numerici e assicura una corretta quotazione CSV. Quando l’estensione INFO è attivata, le coppie chiave-valore vengono analizzate e collocate in colonne dedicate se selezionate. Se l’estensione dei dati di campione è attivata, FORMAT/SAMPLE possono apparire come colonne separate o essere omessi per una tabella compatta. Il delimitatore di output può essere impostato su virgola o tabulazione per la compatibilità TSV. Il convertitore conserva anche le righe di intestazione del file VCF (iniziano con #) durante l’esportazione per riproducibilità.