Strumento di progettazione siRNA

Lo strumento consente la progettazione computazionale di sequenze siRNA per knockdown genico. L’utente fornisce un transcrit target o ID genico, specie e lunghezza desiderata (19–21 nt). Il sistema scansiona la sequenza bersaglio con una finestra scorrevole, genera sequenze candidate e applica vincoli di dominio per garantire fattibilità di sintesi e sperimentale. Si enfatizza la trasparenza nel punteggio e si permette di esaminare più cicli di candidati, selezionare le opzioni migliori ed esportare i risultati per la pianificazione della sintesi. Il flusso è pensato per ricercatori in biologia molecolare e biotecnologie.
La logica centrale combina stime di efficacia mirata con controlli di sicurezza. Per ogni candidato si calcolano contenuto GC, evitano motivi problematici, viene valutata la complementarità della seed-region e stimati proprietà termodinamiche. Il rischio off-target viene valutato allineando il candidato su trascrittomi di riferimento per identificare corrispondenze vicine in regioni codificanti e regolatorie, seguito da un punteggio composito. Le uscite includono la sequenza siRNA, la posizione nel trascritto, GC, ΔG previsto e un punteggio off-target; annotazioni opzionali segnalano SNP, isoforme o regioni conservate. Pubblico e valore: laboratori accademici, CRO e startup biotech che cercano cicli di progettazione rapidi e riproducibili. Lo strumento supporta modelli e bersagli umani, offre esportazione per validazione successiva e resta indipendente dalle modalità di consegna downstream. Un valore distintivo è una logica di punteggio trasparente, vincoli configurabili e allineamento a riferimenti transcriptomici standard, per un design riproducibile tra esperimenti e team. Non esegue validazione wet-lab né fornisce linee guida cliniche, ma accelera lo screening in silico e la prioritizzazione dei candidati per sintesi e test.