Ottimizzazione dei codoni

Questo strumento accetta una sequenza di DNA codificante e un ospite bersaglio in ingresso e restituisce una sequenza ottimizzata che si allinea all’uso dei codoni dell’ospite. Fornisce anche un log delle sostituzioni e un punteggio riassuntivo per valutare espressibilità e fattibilità di sintesi. Gli output sono adatti a flussi di lavoro di clonazione e sintesi genica.
Il sistema mappa ogni posizione dell’amminoacido a un codone preferito in base alla tabella di uso dell’ospite, imponendo vincoli come l’intervallo GC e l’evitazione di motivi. Calcola un punteggio di espressione e registra le sostituzioni, consentendo riproducibilità e tracciabilità tra iterazioni di progettazione.
I ricercatori che progettano costrutti per E. coli, lievito o cellule di mammifero beneficiano di cicli di progettazione più rapidi e maggiore fiducia nei risultati di espressione. Lo strumento si distingue per punteggio basato sul bias, vincoli configurabili, elaborazione in batch e report trasparenti esportabili in formati standard.
Validazione degli input, supporto tabelle codoni dell’ospite, tabelle personalizzate opzionali, controlli GC, filtraggio motivi, modalità batch, mappa per codone e esportazione in FASTA e CSV supportano flussi di lavoro tipici per migliorare l’espressione di un gene codificante in un ospite non nativo o per pipeline di sintesi ad alto throughput.