Estrattore di Sequenze GFF3

L’Estrattore di Sequenze GFF3 recupera sequenze di nucleotide da un genoma di riferimento utilizzando annotazioni GFF3. Supporta caratteristiche come CDS, esoni, geni e trascritti, producendo uscite FASTA per analisi a valle come scoperta di motivi o genomica comparativa.

Concettualmente, lo strumento legge un genome FASTA e un file GFF3, costruisce un indice per contig e per ogni feature richiesta raccoglie le coordinate, unisce segmenti multi-exon e rispetta la direzione del filone per fornire la sequenza esatta.

I vantaggi includono estrazione riproducibile attraverso pipeline, compatibilità con formati di file standard e processamento efficiente per grandi genomi tramite streaming. È utile per ricercatori, educatori e ingegneri di workflow che assemblano set di sequenze guidate dalle feature.

Caratteristiche principali: filtro basato sul tipo, estrazione sensibile al filone, unione degli exons e intestazioni FASTA descrittive. Casi d’uso: estrazione CDS per test di traduzione, raccolta di regioni promotrici e creazione di un catalogo di sequenze di riferimento.