Optimisation des codons

Cet outil accepte une séquence d’ADN codante et un hôte cible en entrée et renvoie une séquence optimisée qui respecte l’usage des codons de l’hôte. Il fournit également un journal de substitutions et une note récapitulative pour évaluer l’expression et la faisabilité de synthèse. Les sorties conviennent aux flux de travail de clonage et de synthèse de gènes.
Le système associe chaque position d’acide aminé à un codon préféré selon le tableau d’utilisation de l’hôte, tout en imposant des contraintes telles que la plage GC et l’évitement de motifs. Il calcule un score d’expression et enregistre les substitutions, assurant reproductibilité et traçabilité entre les itérations.
Les chercheurs concevant des constructions pour E. coli, levure ou cellules de mammiféls gagnent des cycles de conception plus courts et une plus grande fiabilité des résultats d’expression. L’outil se distingue par un scoring sensible au biais, des contraintes configurables, le traitement par lots et des rapports transparents exportables aux formats standard.
La validation des entrées, le support des tableaux de codons de l’hôte, des tableaux personnalisés optionnels, le contrôle GC, le filtrage des motifs, le mode batch, la cartographie par codon et l’export en FASTA et CSV soutiennent les flux de travail typiques pour améliorer l’expression d’un gène codant dans un hôte non naturel ou préparer des constructions pour des pipelines de synthèse à haut débit.