GDC Data Transfer

Un utilitaire de transfert de données en ligne de commande pour Mac, déplaçant des jeux de données vers le Genomic Data Commons, destiné aux chercheurs, gestionnaires de données et pipelines bioinformatiques.

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À propos de cet outil

Conçu pour les équipes génomiques basées sur Mac, cet outil permet des transferts basés sur un manifeste vers le Genomic Data Commons en mettant l'accent sur l'intégrité et la reproductibilité. Il analyse un manifeste, s'authentifie auprès d'un point GDC et transmet les fichiers en parallèle lorsque configuré, en appliquant des sommes SHA-256 et des rapports par fichier pour valider le succès. Conceptuellement, le système voit les transferts comme un ensemble d'opérations de fichier indépendantes coordonnées par un manifeste, avec un mécanisme de réessai robuste et une journalisation complète. Destinataires: chercheurs, ingénieurs de données et équipes de gouvernance des données qui recherchent un mouvement traçable de téraoctets de données. Valeur ajoutée unique: vérifications d'intégrité de bout en bout, transferts réinscriptibles et configurations reproductibles adaptées aux pipelines et aux audits. Fonctions clés: validation de manifeste, transport TLS, vérification des sommes de contrôle, transferts réinscriptibles et statut détaillé par fichier. Cas d'utilisation: ensembles de données génomiques à grande échelle, cohortes cliniques et distributions de données publiques où la traçabilité compte. L'outil met l'accent sur la fiabilité, l'auditabilité et la reproductibilité sans transformations de contenu ou flux UI-only.

Comment utiliser

  1. Fournir les entrées: manifest_path, source_base_uri, destination_endpoint, identifiants.
  2. Configurer les paramètres de transfert: parallélisme, chunk_size_bytes, checksum_method et retry_backoff.
  3. Exécuter le transfert: lancer le mouvement des données via le flux de travail basé sur le manifeste.
  4. Surveiller et vérifier: assurer la complétion réussie et la vérification des sommes par fichier.
  5. Récupérer les résultats: sortie transfer_summary et rapports par fichier pour l'audit.
How to use gdc data transfer tool mac

Frequently Asked Questions

Trouvez des réponses rapides

Quelles plateformes sont prises en charge ?
L'outil est conçu pour les environnements macOS et a été testé sur des versions macOS récentes. Les variantes Windows et Linux ne sont pas couvertes pour le moment.
Quelles entrées sont requises ?
Les entrées obligatoires incluent manifest_path, source_base_uri, destination_endpoint et les identifiants. Les paramètres optionnels couvrent le parallélisme, chunk_size_bytes et checksum_method. Toutes les entrées doivent respecter le schéma du manifeste et les politiques du point de terminaison.
Comment l'intégrité des données est-elle assurée ?
Pour chaque fichier transféré, SHA-256 est calculé et comparé au checksum du manifeste ou fourni. Les discordances déclenchent un nouveau tirage ou une nouvelle transmission, et un rapport de transfert documente les résultats pour les audits.
Que se passe-t-il en cas d'échec du transfert ?
Le mécanisme utilise des retours arrières exponentiels jusqu'à une limite configurable. En cas d'échec persistant, les fichiers échoués sont signalés, les transferts partiels sont conservés et un résumé exportable prend en charge la remediation et la reprise.

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