DM3 Viewer

Le DM3 Viewer offre une ouverture rapide, une extraction précise des métadonnées et un rendu de coupes pour les données de microscopie électronique, permettant aux chercheurs d’inspecter, de QC et de préparer les résultats pour les rapports.

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À propos de cet outil

DM3 Viewer ouvre les fichiers DM3 de microscopie électronique et rend des coupes 2D sélectionnées pour une inspection rapide. Il convertit des données de pixels bruts en images visuellement significatives, tout en conservant la calibration et les métadonnées pour des mesures précises. Les chercheurs en science des matériaux, biologie et nanotechnologie bénéficient d’un accès immédiat aux paramètres d’acquisition et au contenu des images sans recourir au logiciel d’instrument. L’outil met l’accent sur l’intégrité des données, la reproductibilité et des chemins d’exportation simples pour les rapports et les publications.
En coulisses, le parseur DM3 lit les informations d’en-tête, détecte l’endianness et aligne les tableaux de pixels avec la calibration. Le rendu applique des réglages de contraste standard avec normalisation optionnelle. Des métadonnées telles que le modèle d’instrument, la dose, la date d’acquisition et la taille des pixels sont agrégées dans un objet structuré. Les utilisateurs peuvent demander une ou plusieurs coupes et les exporter sous forme d’images, de mesures CSV ou de métadonnées JSON. Le système est conçu pour traiter de grands ensembles de données en diffusant les données et en chargeant les coupes au besoin. Les différenciateurs incluent une fidélité des métadonnées DM3, une gestion robuste des erreurs et des flux de calibration configurables. Il ne tente pas de reconstruction 3D ou de contrôle d’instrument; son objectif est l’affichage hors ligne, le QC et la préparation des données. Les publics visés incluent les microscopistes, les scientifiques des matériaux et les centres d’imagerie qui exigent des résultats reproductibles et un partage efficace des données. Les cas d’utilisation incluent la comparaison des intensités de coupes entre échantillons, l’extraction de la taille des pixels et de la dose pour les figures de publication, et l’archivage des sessions d’imagerie avec des métadonnées complètes.

Comment utiliser

  1. Fournissez les entrées : sélectionnez le fichier DM3 et les paramètres de coupe/canal optionnels.
  2. Configurez la calibration et l’échelle d’intensité si nécessaire.
  3. Lancez le rendu pour générer une vue 2D et extraire les métadonnées.
  4. Examinez les sorties : image, métadonnées et mesures.
  5. Exportez les résultats : fichier image, métadonnées CSV/JSON et mesures.
How to use dm3 viewer

Frequently Asked Questions

Trouvez des réponses rapides

Quels formats sont pris en charge ?
Le DM3 Reader prend en charge les entrées DM3 et exporte vers des formats courants tels que TIFF pour les images et CSV/JSON pour les métadonnées et les mesures, facilitant l’intégration dans les pipelines d’analyse.
Comment les gros DM3 sont-ils gérés ?
L’outil diffuse les données et charge les coupes à la demande pour gérer la mémoire. Il peut traiter des fichiers DM3 de plusieurs gigaoctets en charges seule la région demandée et les métadonnées, réduisant ainsi les besoins RAM.
Puis-je calibrer la taille des pixels et les unités ?
Oui. Vous pouvez spécifier la calibration en nm/px ou µm/px. La calibration se propage aux mesures et métadonnées, garantissant un dimensionnement correct dans les exports et les figures.
Les données 3D ou les stacks sont-elles prises en charge ?
L’objectif actuel est la visualisation et l’analyse 2D. La reconstruction 3D ou le rendu volumique à partir de piles DM3 n’est pas implémenté, mais les résumés 2D et les comparaisons de coupes sont pris en charge.

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