BDV Viewer

BDV Viewer est un outil de visualisation axé sur le domaine conçu pour charger et rendre de très grands jeux de données volumétriques au format BigDataViewer. Il prend en charge le streaming de tuiles à la demande, les pyramides multi-résolution, l’affichage multi-canaux et une navigation rapide de la vue, permettant aux chercheurs d’inspecter des volumes tissulaires, des circuits neuronaux ou des séries développementales sans conversion préalable des données.
Conceptuellement, l’outil dissocie le transport des données du rendu. Il lit une description du jeu de données, diffuse des tuiles depuis le disque ou le stockage réseau à un niveau de détail adapté et met en cache des blocs pour maintenir des débits interactifs. Les tailles de voxel et les métadonnées des canaux sont conservées, garantissant des mesures spatiales précises, des comparaisons d’échelle et des analyses visuelles reproductibles entre les sessions.
Les bénéficiaires incluent les chercheurs en microscopie, les analystes d’images en neuroscience et les biologistes computationnels qui manipulent des volumes de plusieurs téraoctets, comparent les canaux, suivent des points temporels ou annotent des régions. La valeur unique réside dans le rendu Out-of-Core évolutif, le support natif BDV et une surface d’entrée minimale offrant des insights immédiats sans prétraitement des données.
Les fonctionnalités clés et cas d’utilisation comprennent un seul chemin de données en entrée avec chargement automatique, des overlays multi-canaux, la navigation dans le temps et le caching sur disque pour minimiser l’utilisation de RAM. Des fonctionnalités optionnelles couvrent la sélection ROI, des préréglages de luminosité/contraste et des statistiques prêtes à exporter. L’outil est conçu pour des laboratoires opérant sur des réseaux locaux ou dans le cloud avec des contraintes de latence.