PCR Tool

Un outil web pour concevoir des amorces PCR et simuler l'amplification afin d'aider les chercheurs à estimer les propriétés des amorces et les résultats de l'amplicon avant les expériences.

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À propos de cet outil

But et champ d'application: L'outil PCR en ligne offre un flux de travail pour la conception d'amorces et la simulation d'amplification in silico. Il accepte des séquences d'ADN ou des coordonnées génomiques et guide les utilisateurs dans le choix des paramètres pour générer des amorces candidates répondant à des contraintes d'assay courantes. Il s'adresse aux chercheurs, étudiants et techniciens de laboratoire qui ont besoin de vérifications rapides et reproductibles avant la commande d'amorces ou la mise en place d'expériences. L'outil met l'accent sur des calculs transparents et auditable et prend en charge les modèles d'organismes largement utilisés. En se concentrant sur les métriques de conception clés, il aide les utilisateurs à éviter l'amplification non spécifique et des paires d'amorces sous-optimales en développement précoce.

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Comment utiliser

Fournir les entrées: saisir une séquence cible ou des coordonnées génomiques, choisir l'organisme et le génome de référence et définir des contraintes telles que la taille d'amplicon et la longueur des amorces.
Choisir la méthode: sélectionner le mode Conception d'amorces ou In Silico PCR.
Lancer le calcul: lancer la conception d'amorces et la simulation d'amplification.
Examiner les résultats: examiner les candidats avec Tm calculés, GC%, éventuels hairpins ou dimers et emplacements d'amplicon prévus.
Exporter les résultats: téléchargement en CSV/JSON ou copier les séquences pour commande.

Frequently Asked Questions

Trouvez des réponses rapides

Quelles entrées sont requises?

Les entrées essentielles incluent une séquence cible ou des coordonnées, l'organisme ou référence du génome, la taille d'amplicon souhaitée et les plages de longueur des amorces. Les contraintes optionnelles incluent le GC% et les fenêtres de Tm.

Quels résultats sont produits?

L'outil retourne des amorces candidates avec les séquences et métriques (Tm, GC%), drapeaux d'auto-dimers et hairpins, et les coordonnées ou tailles d'amplicon prévues. Les résultats peuvent être exportés en CSV ou JSON.

Est-ce adapté au multiplex ou à la conception de sondes?

Principalement conçu pour la sélection d'amorces et le PCR in silico; le multiplex est pris en charge sous contraintes, mais pour une conception complexe de sondes ou grands panels multiplex, privilégier des validations complémentaires.

Quels organismes sont pris en charge?

L'outil prend en charge les organismes modèles courants et tout génome via une référence; la performance dépend de la disponibilité et de l'exactitude de la référence. Non garanti pour toutes les espèces.

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