PCR Tool

Una herramienta web para diseñar primers PCR y simular la amplificación, para ayudar a los investigadores a estimar las propiedades de los primers y los resultados del amplicón antes de los experimentos.

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Sobre esta herramienta

Propósito y alcance: La herramienta PCR en línea ofrece un flujo de trabajo en línea para el diseño de primers y la simulación in silico de amplificación. Acepta secuencias de ADN o coordenadas genómicas y guía a los usuarios a través de la selección de parámetros para generar candidatos de primers que cumplan con restricciones habituales de los ensayos. Está dirigida a investigadores, estudiantes y técnicos de laboratorio que necesitan comprobaciones rápidas y reproducibles antes de encargar primers o realizar experimentos. El enfoque se centra en cálculos transparentes y auditable y admite organismos modelo ampliamente utilizados. Al centrarse en métricas de diseño clave, ayuda a evitar amplificación inespecífica y pares de primers subóptimos en etapas tempranas.

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Cómo usar

Proporcionar entradas: ingresar una secuencia objetivo o coordenadas genómicas, seleccionar organismo y genoma de referencia y establecer restricciones como tamaño de amplicón deseado y longitud de primers.
Elegir método: seleccionar Modo Diseño de primers o In Silico PCR.
Iniciar cálculo: iniciar diseño de primers y simulación de amplificación.
Revisar salidas: examinar candidatos con Tm calculado, GC%, posibles hairpins o dímeros y ubicaciones de amplicón previstas.
Exportar resultados: descargar como CSV/JSON o copiar secuencias para pedido.

Frequently Asked Questions

Encuentre respuestas rápidas

¿Qué entradas son necesarias?

Entradas esenciales incluyen una secuencia objetivo o coordenadas genómicas, el organismo o referencia del genoma, y el tamaño deseado del amplicón y rangos de longitud de primers. Restricciones opcionales incluyen GC% y ventanas de Tm.

¿Qué salidas se producen?

La herramienta devuelve candidatos de primers con secuencias y métricas (Tm, GC%), indicadores de auto-dímeros y hairpins, y coordenadas o tamaños de amplicón previstos. Los resultados pueden exportarse en CSV o JSON.

¿Es apta para multiplex o diseño de sondas?

Principalmente diseñada para selección de primers y PCR in silico; el multiplex se admite bajo restricciones, pero para diseños complejos de sondas o grandes paneles multiplex, considere validaciones adicionales.

¿Qué organismos se soportan?

La herramienta soporta organismos modelo comunes y cualquier genoma proporcionando una referencia; el rendimiento depende de la disponibilidad y precisión de la referencia. No garantizado para todas las especies.

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