Constructor de Modelos

Ayuda a investigadores y estudiantes a construir y comparar modelos biológicos mecánicos con conjuntos de parámetros e interacciones basadas en reglas.

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Sobre esta herramienta

Un constructor de modelos orientado al dominio para biología y flujos de trabajo de IA. Permite a los usuarios definir especies, interacciones y leyes de velocidad, luego simular dinámicas y comparar hipótesis. El enfoque enfatiza la representación explícita de unidades, provenance y restricciones de parámetros para que los resultados sean auditable. Soporta demostraciones educativas y proyectos de investigación a escala mediante componentes modulares y plantillas reutilizables.
Internamente, los modelos se almacenan con metadatos explícitos, unidades y provenance para garantizar la reproducibilidad entre equipos y a lo largo del tiempo. El registro garantiza una nomenclatura consistente, control de versiones y trazabilidad de cada componente, mientras que el solucionador permanece ajeno a los detalles de las rutas. El sistema se integra con formatos estándar y puede exportar a SBML o representaciones JSON para intercambio.
La herramienta admite varios paradigmas de modelado (ecuaciones cinéticas, redes estequiométricas, representaciones basadas en grafos) y exports interoperables para análisis posteriores. Permite comparaciones de escenarios ejecutando simulaciones paralelas, alineando ejes temporales y diff de salidas para resaltar efectos de cambios de parámetros. Reglas de validación detectan inconsistencias de unidades, reacciones ausentes o límites de parámetros no físicos.

Cómo usar

Proporcione entradas para componentes del modelo (especies, parámetros, condiciones iniciales)
Elija el paradigma de modelado y leyes de velocidad o reacciones
Establezca el horizonte de simulación y el paso de tiempo
Ejecute la integración para generar series temporales
Compare escenarios y exporte salidas

How to use model builder hhmi

Frequently Asked Questions

Encuentre respuestas rápidas

¿Qué paradigmas de modelado se soportan?
La herramienta soporta modelos kineticos basados en reacciones, redes estequiométricas y representaciones basadas en grafos. Los usuarios pueden mezclar paradigmas dentro de un mismo modelo definiendo subsistemas paralelos; el motor traduce todas las definiciones a una representación numérica consistente y ofrece comparaciones entre paradigmas.
¿Puedo reutilizar modelos entre proyectos?
Sí. Los modelos se guardan con metadatos de procedencia, control de versiones y límites de parámetros. Puede clonar plantillas, ajustar escenarios y exportar configuraciones a SBML o JSON para asegurar la reproducibilidad entre equipos.
¿Qué formatos de exportación existen?
Las exportaciones incluyen CSV/JSON de series temporales para trazas, XML SBML para interoperabilidad y notas que documentan supuestos y rangos de parámetros. Esto facilita la publicación, el intercambio de datos y la importación en simuladores externos.

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