siRNA-designværktøj

Værktøjet muliggør beregningsbaseret design af siRNA-sekvenser til genknockdown. Brugere angiver et måltranskript eller gen-ID, art og ønsket længde (19–21 nt). Systemet gennemsøger målsekvensen med et skydende vindue, genererer kandidatssekvenser og anvender domænebegrænsninger for at sikre fremstillingsbarhed og eksperimentel gennemførlighed. Det lægger vægt på gennemsigtighed i vurderingen og tillader brugere at gennemgå flere kandidatrunder, vælge topmuligheder og eksportere resultater for synteseplanlægning. Arbejdsflowet henvender sig til forskere i molekylærbiologi og bioteknologi.
Kerne-logik kombinerer on-target effektivitetsestimater med sikkerhedstjek. For hver kandidat beregnes GC-indhold, undgås problematiske motiver, vurderes seed-region-komplementaritet og estimeres termodynamiske egenskaber. Off-target-risiko vurderes ved at matche kandidaten mod reference-transkriptomer for at identificere nærstående hits i kodende og regulatoriske regioner, efterfulgt af en sammensat score. Outputs inkluderer siRNA-sekvens, position inden for transkriptet, GC-indhold, forudsagt ΔG og en off-target-score; valgfrie annoteringer markerer SNP’er, isoformer eller bevarende regioner. Målgruppe og værdi: akademiske laboratorier, CRO’er og biotech-startups, der søger hurtige, reproducerbare designcyklusser. Værktøjet understøtter modelorganismer og humane mål, tilbyder eksportformater til efterfølgende validering og er uafhængigt af downstream-delivery-metoder. Unik værdi: gennemsigtig scoringlogik, konfigurerbare begrænsninger og tilpasning til standard-transkript-referencer, hvilket muliggør reproducerbart design på tværs af eksperimenter og teams. Det udfører ikke vådlaboratorie-validation eller klinisk vejledning, men fremskynder in silico screening og prioritering af kandidater til syntese og test.