GTF/GFF3 مُستخرج التتابعات

تقوم هذه الأداة باستخراج تسلسلات نوكليوتيدية من تجميع جينومي من خلال تطبيق تعليق GTF/GFF3. تدعم الاستخراج من الإكسونات، CDS، الجينات، أو مناطق الترانسكريبت، مع توجيه strand اختيارياً وترجمة. يقوم الباحثون بتحميل ملف FASTA للجينوم وملف التعليقات؛ تتحقق الأداة من المطابقة، وتحل حدود الميزات، وتنتج ملف FASTA بكل ميزة مطلوبة. إنها مصممة لعمليات عمل قابلة لإعادة الإنتاج ويمكن دمجها في خطوط أنابيب تتطلب تسلسلات محددة بحسب الميزة من أجل تصميم البادئات، التطابق، أو التحليلات المقارنة.
من الناحية المفاهيمية، تقوم الأداة بتحليل التعليقات وربط الميزات بإحداثيات الجينوم، وترتيب المكوّنات (مثل exons ضمن ترانسكريبت) ودمج التسلسلات وفق نوع الميزة. على الخيط السالب، تُعكَس التسلسلات عند الطلب. تسمح الإضافات الاختيارية بإضافة سياق upstream/downstream وترجمة CDS إلى بروتين باستخدام الكود الوراثي القياسي. يمكن أن تشمل المخرجات تقارير بيانات وصفية بصيغ CSV أو BED لدعم المعالجة اللاحقة.
المستفيدون الرئيسيون هم باحثو علم الوراثة الحيوية، أخصائيو المعلومات الحيوية والمرافق الأساسية الذين يحتاجون إلى استرداد تسلسلات موثوق به وقابل لإعادة التشغيل لغايات الاكتشاف، التحقق، أو التشغيل الآلي للخطوط. بفصل حل الميزات، استخراج التسلسلات والترجمة الاختيارية، يوفر الأداة مساراً واضحاً وقابلاً للتدقيق لكيفية اشتقاق كل تسلسلة وكيفية توليد التحليلات اللاحقة.